乔明琦教授任《中医基础理论（7年制）》，《中医基础理论（第7版）》，《张珍玉学术经验辑要》等的副主编或编委，在国家级核心期刊发表论文60余篇，发表SCI论文5篇，申请发明专利10项，已获授权号3项。其《经前期综合征病证结合临床、基础和新药研发与应用》获国家科技进步二等奖；目前承担课题5项，其中科技部“973”重大研究专项课题一项 ，科技部十一五科技支撑计划一项，国家基金委课题2项，省教育厅课题一项。