乔明琦教授多年来一直致力于肝藏象与情志致病研究领域，其中经前期综合征（PMS）病证结合研究达到国际前沿；首次提出肝气逆、肝气郁两证新证候概念，建立两证诊断标准和大鼠、猕猴模型；开发国内首类治疗经前期综合征新药--经前平颗粒、经前舒颗粒并获得新药证书。首次提出“多情交织共同致病首先伤肝”、“肝主疏泄与机体单胺类神经递质、性激素及其调节激素水平变化有关”的科学假说，并已引入中医基础理论七版教材和七年制教材。

         乔明琦教授任《中医基础理论（7年制）》，《中医基础理论（第7版）》，《张珍玉学术经验辑要》等的副主编或编委，在国家级核心期刊发表论文60余篇，发表SCI论文5篇，申请发明专利10项，已获授权号3项。其《经前期综合征病证结合临床、基础和新药研发与应用》获国家科技进步二等奖；目前承担课题5项，其中科技部“973”重大研究专项课题一项 ，科技部十一五科技支撑计划一项，国家基金委课题2项，省教育厅课题一项。